Plataforma de Genòmica Funcional
Presentació
La plataforma de genòmica funcional SJD (PGF-SJD) estudia les variants genòmiques dels pacients per conèixer-ne el significat biològic i ajudar a determinar la seva relació amb la malaltia, analitzant aspectes dinàmics del fenotip cel·lular, com són les funcions i interaccions entre gens i proteïnes.
Des de la plataforma s'ofereix suport a l'equip mèdic a la presa de decisions a partir dels resultats dels estudis genètics que no són concloents.
Durant els darrers 7 anys d'experiència, s'han avaluat 290 pacients i s'ha aconseguit establir un diagnòstic en el 70% dels casos.
La plataforma està formada per investigadors i metges amb una sòlida experiència en l'àmbit de la genètica i la medicina molecular.
Serveis i aplicacions
Els serveis s'estructuren en dues unitats:
- La Unitat de Diagnòstic de Precisió (UDP) per a la validació funcional de variants genètiques candidates. En aquesta unitat es realitza l'anàlisi insilica, aproximacions experimentals de genòmica funcional i la discussió multidisciplinària dels casos per a la presa de decisió diagnòstica.
- La Unitat de Teràpia Personalitzada (UTP) des d'on es recolza els tractaments excepcionals i assaigs preclínics i clínics mitjançant la investigació de dianes moleculars en estudis de reposicionament de fàrmacs i desenvolupament de noves molècules terapèutiques.
Al final de l’estudi s’emet un informe amb els resultats detallats, l'informe biològic i la presa de decisions conjunta amb l'equip mèdic.
Les proves de genòmica funcional es realitzen bé in silico, in vitro o aplicant ambdues aproximacions per determinar limpacte biològic i patològic de les variants genètiques. Els mètodes inclouen anàlisis genètiques, moleculars i cel·lulars, com són tècniques de PCR quantitativa, clonació i expressió gènica, seqüenciació de DNA o cDNA, localització subcel·lular de proteïnes, interacció entre proteïnes, anàlisi d'imatge cel·lular mitjançant microscòpia confocal, etc.
En els documents següents es comparteix informació addicional orientada a l'equip mèdic, així com un diagrama resum de tots els serveis:
Equips de laboratori
- QX200 Droplet Digital™ PCR (Bio-Rad)
- QuantStudio™ 6 Flex (Applied Biosystems)
- GloMax® Navigator System (Promega)
- NovoCyte Flow Cytometer (ACEA Biosciences)
- Premeu 650 UltraSonic Homogenizer (Benchmark Scientific)
- iBright™ 1500 (Invitrogen)
- Ultracentrifuge CP80NX (Hitachi)
- Confocal Microscope Leica TCS SP8 (Leica Microsystems)
Experiència i resultats
Des que la plataforma va entrar en funcionament el 2019 s'han analitzat un total de 290 pacients, dels quals 227 casos es van avaluar dins de la UDP amb fins diagnòstics i 63 pacients a la UTP amb fins terapèutics. Els casos de la UDP es van incorporar al programa si complien algun dels nou criteris d'inclusió indicats a l'apartat Procediment.
Els criteris d'inclusió majoritaris han estat els següents:
- El pacient era portador d'una variant de significat clínic incert (criteri 1).
- Incongruència entre el fenotip i el genotip del pacient (criteri 2).
- La necessitat de cerca de diagnòstic mitjançant òmiques (criteri 8).
Els estudis que confirmen la patogenicitat de la (les) variant(s) o d'establiment positiu de relació causal entre el fenotip i genotips incongruents (Taxa Diagnòstica Biològica) ha estat del 70,73%. Concretament, dels 227 casos avaluats dins de la UDP, s'ha trobat un impacte significatiu a la biologia de la variant del gen o del producte gènic (RNA o proteïna) en 145 casos. D'aquests 145 casos se'n va aconseguir un diagnòstic etiològic en 133 casos (6 variants requeririen aproximació experimental i els altres 6 van ser gens nous sense entitat nosològica associada a OMIM).
Exemples d’estudis
A continuació, s'hi adjunten exemples d'informes emesos per la plataforma.
Publicacions
Altres activitats
ClinVar de la Plataforma Genòmica Funcional SJD
Tarifes
Consultar tarifes
Contacte
Per contactar amb la plataforma cal enviar un correu electrònic a genomicafuncionalSJD(ELIMINAR)@sjd.es
Per realitzar una petició de servei per part del personal intern HSJD cal procedir segons es detalla al document adjunt.
